Музей основан по распоряжению губернатора Санкт-Петербурга В.А. Яковлева в 1997 году.
Официальное открытие состоялось 27 октября 1997 года. В 1998 году на внешней площадке Музея было установлено ограждение рубки подводной лодки «Б-807» проекта 641.
В основу музейной коллекции легли предметы, переданные школьным «Музеем действия подводных лодок типа «С» на Балтике в 1941—1945 гг.» Санкт-Петербургской школы № 189 Центрального района, основателем и куратором которого была Елена Павловна Ждан, учитель пения.
Сегодня Музей истории подводных сил России является единственным государственным музеем истории подводного флота России и одним из четырёх музеев в мире, посвящённых этой тематике.
Экспозиция состоит из двух частей – основной и внешней. Основная экспозиция располагается в трёх залах и занимает площадь около 350 квадратных метров. Она дает полное представление об истории подводного флота России и нелегкой службе моряков, начиная с «потаенного судна» и до наших дней. Экспонаты в залах расположены в хронологическом порядке, отражающем применение отечественных передовых достижений в подводном судостроении и боевом применении российских и советских подводных лодок за всю их героическую историю.
Первый зал Музея стилизован под отсеки подводной лодки, в каждом из которых представлен определенный период становления и развития Российского подводного флота. Во втором зале можно увидеть экспонаты с ракетного подводного крейсера стратегического назначения, приборы (гирокомпас, гировертикаль, гироазимут), необходимые для подводной навигации и выполнения стрельбы баллистическими ракетами, пульт управления системой погружения и всплытия, спасательное снаряжение подводника. В третьем зале представлены модели дизель-электрических и атомных подводных лодок различного назначения, построенные в 1990-е – 2000-е гг.
На экспозиции представлена переборочная дверь с атомной подводной лодки, через которую можно перейти из второго в первый зал Музея, ощутив эмоции, которые испытывает человек, оказавшийся на боевом подводном корабле.
На внешней площадке, расположенной в сквере рядом с Музеем, кроме ограждения рубки подводной лодки проекта 641, представлены элементы вооружения подводных лодок: торпеды, артиллерийское орудие времен Великой Отечественной войны, мины, аварийно-спасательные буи, якоря и другие виды оружия.
Ежегодно организуются тематические праздники на экспозиционных площадках для жителей и гостей города. Одними из самых ярких и масштабных являются День Военно-Морского Флота и День моряка-подводника. В эти дни на внешней экспозиции проводятся показательные выступления военнослужащих Западного военного округа, концерт сольных исполнителей и творческих коллективов Санкт-Петербурга и Ленинградской области, спортивные состязания и игры для детей, работает военно-полевая кухня.
Двери Музея всегда открыты для всех желающих посетить нашу экспозицию и тематические выставки! Ждем новых дарителей, новых предметов, а значит новых историй, новых выставок!
