К концу 1947 г. тральщики Балтийского флота уничтожили 5700 мин, включая плавающие, которые представляли большую угрозу судоходству, особенно в Финском заливе и Ирбенском проливе.
II этап (1947–1959 гг.) предусматривал снятие всех ограничений и обеспечение повсеместного свободного плавания на акватории Балтийского моря. На II этапе выполнялись повторное контактное траление с углублением до 60 м, донное траление и большой объем неконтактного траления.
В период 1948–1952 гг. ежегодно вытраливалось от 125 до 650 якорных мин и минных защитников. В 1949–1951 гг. резко возросло число вытраливаемых донных неконтактных мин в связи с принятием решения о необходимости траления не только фарватеров, но и районов.
Начиная с 1953 г. число вытраливаемых мин существенно уменьшается, но траление продолжается до 1960 г. Всего на II этапе было вытралено около 4830 мин и минных защитников. Последние три донные неконтактные мины были вытралены в 1955 г. Следует заметить, что в последние три года II этапа число вытраливаемых мин стало незначительным: в 1958 г. – 14 мин, в 1959 г. – 0, 1960 г. – 22 мины.
На III этапе после 1960 г. выполнялись только контактное траление в целях снижения остаточного риска, систематический поиск плавающих мин и водолазное обследование акваторий портов.
К концу 1963 года в Финском заливе и в прибрежных районах Эстонии было вытравлено, обнаружено и уничтожено 11 900 мин. Оставшиеся невытраленные мины (донные неконтактные) потеряли свою боеспособность от времени под влиянием внешней среды. Были открыты для плавания последние бывшие опасными районы.
