Первый зал музея разделён стилизованными переборками на 5 отсеков, напоминающих отсеки подводной лодки. Здесь собраны материалы, отражающие историю развития подводных сил России от Петра I до Победы в Великой Отечественной Войне 1941-1945гг.
Второй зал музея представляет собой боевые посты управления АПЛ, где собрано оборудование и приборы с АПЛ 671 проекта. Попасть во второй зал можно не только через основной вход, но и через вмонтированный в стену переборочный люк.
Третий зал (лекционный) представляет историю развития подводных сил ВМФ СССР и РФ в послевоенный период. В нём также проводятся временные выставки, культурно-просветительские музыкальные и кино-мероприятия, интерактивные детские игровые программы морской тематики.
Экспозиция музея обогащена уникальной коллекцией макетов подводных лодок
Лекционный зал оснащён большим экраном и мультимедийным оборудованием.
Залы музея оснащены большим интерактивным столом, с помощью которого можно стать командиром корабля и поучаствовать в игре «Морской бой», а также сенсорными киосками «Музейный гид», благодаря которым посетитель может виртуально познакомиться с историей развития подводных сил России, экспонатами и выставками, проходившими в музее.
Визитной карточкой музея стала экспозиция на внешней площадке, где каждый желающий может прикоснуться к рубке настоящей подводной лодки 641 проекта, торпедам, минам, и многому другому. Площадка, расположенная рядом с музеем в небольшом сквере, является излюбленным местом отдыха детей.
