В центре, изображение золотого летописного списка и диагонально перекрещенного с ним гусиного пера с симметрично наложенным на них чёрным горизонтальным изображением атомного подводного крейсера типа «Борей-А», направленным носовой оконечностью в левую сторону, на которое наложено золотое горизонтальное изображение подводной лодки времён Великой Отечественной войны (1941-1945 гг.) типа «С» серии IX-бис, также направленной в левую сторону. Размеры изображений АПКР и ПЛ пропорциональны их реальным размерам. Центральное изображение наложено на золотой венок из лавровых ветвей, имеющий форму обрамления знака различия на головных уборах офицеров ВМФ. В верхней части венка – эмблема ВМФ (золотой двуглавый орел с распростертыми крыльями, держащий в лапах два перекрещенных за его спиной серебряных адмиралтейских якоря. На груди орла – красный, треугольный, вытянутый книзу щит со штоком, восходящим к короне. В поле щита – всадник, поражающий копьем дракона ). В нижней части венка симметрично развивающаяся в обе стороны лента голубого цвета с золотым кантом и надписью в центральной части, выполненной золотыми буквами: «МУЕЙ ИСТОРИИ ПОДВОДНЫХ СИЛ РОССИИ им. А.И. МАРИНЕСКО».
Что символизирует эмблема:
– Золотой летописный список с перекрещенным пером – принадлежность к учреждениям, призванным служить сохранению и передаче культурно-исторического наследия.
– Чёрное изображение АПКР типа «Борей-А», с наложенным на него золотым изображением ПЛ типа «С» серии IX-бис – цель Музея – история подводных флота от славного прошлого к могучему настоящему, верность России и веру в её величие и силу флота. К серии IX-бис относилась ПЛ «С-13», командиром которой был Герой Советского Союза капитан 3 ранга А.И. Маринеско, имя которого носит Музей.
– Золотой лавровый венок – славу подводного флота России и его боевые традиции.
– Эмблема ВМФ – направленность Музея на собирание исторических предметов, сохранение и передачу наследия ВМФ будущим поколениям граждан России.
– Лента голубого цвета – величие подвига моряков-подводников прошлого и красоту их ратного труда в настоящее время. Надпись на ленте отражает наименование Музея.
– Геральдический щит с золотым обрамлением – верность государству и служение делу защиты народов Отечества.
