Музей основан по распоряжению губернатора Санкт-Петербурга В.А. Яковлева в 1997 году.
Официальное открытие состоялось 27 октября 1997 года. В 1998 году на внешней площадке Музея было установлено ограждение рубки подводной лодки «Б-807» проекта 641.
В основу музейной коллекции легли предметы, переданные школьным «Музеем действия подводных лодок типа «С» на Балтике в 1941—1945 гг.» Санкт-Петербургской школы № 189 Центрального района, основателем и куратором которого была Елена Павловна Ждан, учитель пения.
Сегодня Музей истории подводных сил России является единственным государственным музеем истории подводного флота нашей Родины и одним из четырёх музеев в мире, посвящённых истории подводного флота. Экспозиция состоит из двух частей – основной и внешней, каждая из которых имеет свою отдельную задачу. Основная экспозиция располагается в трёх залах и занимает площадь около 350 квадратных метров. Она дает полное представление об истории подводного флота России и нелегкой службе моряков, начиная с «потаенного судна» и до наших дней. Экспонаты в залах расположены в хронологическом порядке, отражающем применение отечественных передовых достижений в подводном судостроении и боевом применении российских и -советских подводных лодок за всю их героическую историю. На внешней площадке кроме открытой для посещения рубки подводной лодки проекта 641, представлены элементы вооружения подводных лодок: торпеды, артиллерийское орудие времен Великой Отечественной войны, мины, аварийно-спасательные буи, якоря и другие виды подводного оружия. Работают тематические выставки, посвященные знаменательным историческим датам.
В Музее ведется научно-исследовательская деятельность и работа в области государственного и патриотического воспитания подрастающего поколения и молодежи.
Помимо классических обзорных и тематических экскурсий по экспозиции и временным выставкам Музея, сотрудники проводят уроки исторической памяти, лекции и образовательные мероприятия, как в Музее, так и на территориях различных образовательных, культурных и досуговых организаций города.
Ежегодно организуются тематические праздники на экспозиционных площадках для жителей и гостей города. Одними из самых ярких и масштабных являются День Военно-Морского Флота и День моряка-подводника. В эти дни на внешней экспозиции проводятся показательные выступления военнослужащих Западного военного округа, концерт сольных исполнителей и творческих коллективов Санкт-Петербурга и Ленинградской области, спортивные состязания и игры для детей, работает военно-полевая кухня.
Двери Музея всегда открыты для всех желающих посетить нашу экспозицию и тематические выставки! Ждем новых дарителей, новых предметов, а значит новых историй, новых выставок!
